金中都水关遗址为木石结构，为了有效保护遗址中的木材，尽可能使其不再遭受霉菌、木腐菌的侵害，保证遗址结构的完整性，北京辽金城垣博物馆自2008年9月16日起，对遗址进行全面保养，保养工作由中国林科院木材研究所进行。历经一年的时间，金中都水关遗址的保养和监控工作已顺利完成，效果显著。