密云区博物馆自建制后馆舍一直占用的是由北京东城区美术馆后街路西迁建于密云实施异地保护的清代大公主府。2003年迁入了建于密云县西外大街2号的新馆大楼。新馆大楼外观为圆柱形，室内分上下两层，共设两个展厅，展厅总面积800平方米。目前馆内共举办《密云历史文化陈列》、《杵臼文化陈列》、《刘祯祥捐献文物陈列》3个展陈。《密云历史文化陈列》主要展陈是密云县境内收集和出土的各种文物，包括化石、新石器、瓷器、陶器等，展现了密云悠久的历史和灿烂的文化。《杵臼文化陈列》是北京地区第一个以杵臼为题材的展览。《刘祯祥捐献文物陈列》展示的是密云县民营企业家刘祯祥个人收集的各类瓷器。